漁業生態環境研究室緊密圍繞中國水產科學研究院及東海水產研究所發展規劃，立足于漁業資源和生態環境學科，承擔或重點參與了諸多國內此領域基礎性和關鍵性的重大科研任務。實驗室優勢和特色研究方向為海洋和海岸建設項目的環境影響評價、溢油事故對天然漁業資源損害評估、海洋環境承載力和生態補償研究、海洋環境質量和漁業資源現狀調查與評價等。同時，實驗室重點針對南黃海和東海水域，特別是近海重要漁業水域和長江口等典型生態功能區，開展了一系列研究，如長江大型水利工程、養殖活動、典型海洋災害（如赤潮等）對海洋漁業環境和生物資源影響，漁業水域環境修復和漁業資源增殖養殖技術及原理等。另外，依托國家973項目（子課題）、國家自然科學基金等基礎類研究項目，實驗室對海洋科學中許多理論性問題也開展了相關研究，包括東海沿海赤潮發生機制、全球變暖對東黃海浮游動物群落影響機理、長江口外來物種對潮灘生態系統影響機理、我國近海大型底棲動物中部分優勢類群區系特點等。

本研究室屬國內首批漁業生態環境監測網建設單位，目前已形成較為完善的漁業生態環境質量監測、評估體系，并在國內率先建立了非急性狀態下水污染對漁業經濟損害的理論估算模式和可實際應用的定量模式。近5年來，實驗室主編或參編專著5部，在國內外主流期刊上發表各類論文近150篇（其中SCI期刊收錄論文28篇），申請或授權各類專利14項，相關研究成果榮獲上海市科技進步一等獎等獎項共5次。

實驗室目前學科設置齊全，擁有不同專業方向科研人員28人，其中中國水產科學研究院漁業生態領域首席科學家1人，研究員3人，副研究員9人，中級及以下職稱人員15人；具有博士學位人員11人。配置了國內外一流水平的液相色譜、氣相色譜、電感耦合等離子體質譜ICP-MS、連續流動營養鹽分析儀、原子吸收分光光度計、原子熒光光譜儀、總有機碳分析儀和有機鹵素分析儀等大中型分析儀器設備。擁有中華人民共和國農業部漁業局頒發的《漁業污染事故調查鑒定甲級資格證書》、中華人民共和國環境保護部頒發的《建設項目環境影響評價乙級證書》。

實驗室本著繼往開來的創新發展目標，力爭建設成為面向全國的海洋漁業環境科學研究中心和服務平臺。