中國水產科學研究院東海水產研究所是國家綜合性漁業研究機構。本部位于上海市楊浦區，占地面積約2.2萬平方米，在上海奉賢、海南瓊海、福建福鼎、江蘇贛榆和浙江寧海分別建有實驗研究基地。

研究所創建于1958年10月，歷經中國科學院上海水產研究所、上海市水產研究所、水產部東海水產研究所、上海市海洋漁業公司東海水產研究所、國家水產總局東海水產研究所等發展時期，1982年10月統一劃歸中國水產科學研究院管理。2003年進入國家科技創新體系（國家非營利性科研機構）；2005年通過中國質量認證中心ISO9001質量管理體系認證，成為我國漁業科研系統第一個進入ISO9001質量管理體系的單位。

研究所承擔我國漁業發展中的全局性、基礎性、關鍵性和方向性的重大科技任務，為我國漁業科技進步、行業管理和產業發展提供服務。主要開展遠洋與極地漁業資源開發、河口與近海漁業生態學、漁業資源保護及利用、捕撈與漁業工程、漁業生態環境評價與保護、水產養殖技術、水產遺傳育種與生物技術、水產品加工與質量安全、漁業信息與戰略等研究。經農業農村部批準的中國水產科學研究院發展規劃中確定將我所建成國家級遠洋和河口漁業研究中心。

研究所擁有一支學科結構合理、業務素質較高，具有雄厚實力的漁業科研隊伍。全所編制職工450人，現有研究員30余名，副研究員60余名，國家新世紀百千萬人才工程國家級人選3人，享有國務院政府特殊津貼的專家28人，農業農村部有突出貢獻的中青年專家5人，中國水產科學研究院首席科學家3人，上海市領軍人才4人，上海市農業領域領軍人才2人。研究所與上海海洋大學、華東師范大學、中國海洋大學、中國科學院海洋研究所和大連海洋大學等院校建立聯合招收培養研究生機制，每年在讀研究生達100余名。經人事部和全國博士后管理委員會批準，建立博士后科研工作站。

研究所擁有農業農村部等各級重點實驗室及平臺16個，300噸級漁業資源調查船2艘，3000噸級海洋漁業綜合科學調查船1艘，現有科學儀器設備數量3300余套，主辦學術期刊《海洋漁業》和《漁業信息與戰略》。